Pandémie de Covid-19 — Wikipédia

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Cet article concerne la pandémie à coronavirus de 2019-2021. Pour la description de la maladie elle-même, voir maladie à coronavirus 2019. Pour le coronavirus en cause, voir SARS-CoV-2.

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Expansion du virus SARS-CoV-2 dans le monde au 26 juillet 2021[1]..mw-parser-output .legende-bloc-centre{display:table;margin:0 auto;text-align:left}.mw-parser-output .legende-bloc ul li{font-size:90%}.mw-parser-output .legende-bloc-vertical ul li{list-style:none;margin:1px 0 0 -1.5em}.mw-parser-output .legende-bloc-vertical ul li li{list-style:none;margin:1px 0 0 -1.0em}

• 1 à 99 cas confirmés
• 100 à 999 cas confirmés
• 1 000 à 9 999 cas confirmés
• 10 000 à 99 999 cas confirmés
• 100 000 à 999 999 cas confirmés
• 1 000 000 à 9 999 999 cas confirmés
• Supérieur à 10 000 000 cas confirmés

De haut en bas et de gauche à droite :

• Patients hospitalisés à Téhéran, en Iran.
• Groupe de travail du gouvernement italien sur les épidémies.
• Véhicules de désinfection vers Taipei, à Taïwan.
• Contrôles sanitaires à l'aéroport de Milan-Linate.
• Rayons vides d'un supermarché australien en raison d'achats de panique.

Maladie

Maladie à coronavirus 2019

Agent infectieux

SARS-CoV-2

Origine

Wuhan (Hubei, Chine)

Localisation

Monde entier (voir liste des pays touchés et le tableau complet)Foyers principaux (plus de 100 000 décès confirmés), par ordre alphabétique :Brésil (article)États-Unis (article)France (article)Inde (article) Italie (article)Mexique (article)Pérou (article)Royaume-Uni (article)Russie (article)

Premier cas

Wuhan (Hubei, Chine)

Date d'arrivée

16 novembre 2019(1 an, 9 mois et 7 jours)

Site web

www.who.int/fr/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019

Bilan Cas confirmés

201 898 461 (6 aout 2021)[2]

Cas soignés

181 627 776 (6 aout 2021)[2]

Morts

4 284 467 (6 aout 2021)[2]6 à 8 millions (estimations de l'OMS[3])

La pandémie de Covid-19 .mw-parser-output .prononciation>a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/Loudspeaker.svg/11px-Loudspeaker.svg.png")center left no-repeat;padding-left:15px;font-size:smaller} est une pandémie d'une maladie infectieuse émergente, appelée la maladie à coronavirus 2019 ou Covid-19, provoquée par le coronavirus SARS-CoV-2. Elle apparaît le 16 novembre 2019 à Wuhan[4], dans la province de Hubei (en Chine centrale), avant de se propager dans le monde.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte dans un premier temps la République populaire de Chine et ses autres États membres, puis prononce l'état d'urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier 2020.

Le 11 mars 2020, l'épidémie de Covid-19 est déclarée pandémie[5],[6] par l'OMS qui demande des mesures de protection essentielles pour prévenir la saturation des services de soins intensifs[7] et pour renforcer l'hygiène préventive (suppression des contacts physiques, bises et poignées de mains, fin des attroupements ainsi que des déplacements et voyages non indispensables, promotion du lavage des mains, mise en application de quarantaine, etc.). Pour freiner la formation de nouveaux foyers de contagion et préserver les capacités d'accueil de leurs hôpitaux, de nombreux pays décident des mesures de confinement, la fermeture de leurs frontières et l'annulation des manifestations sportives et culturelles. Ces décisions ont des conséquences économiques, sociales et environnementales et font peser des incertitudes et des craintes sur l'économie mondiale et sur l'éducation, la santé et les droits fondamentaux des populations.

En mai 2021, le constat est que l'impact mondial de la Covid-19 ne pourra peut-être pas être estimé un jour, ainsi « on débat toujours du bilan de la grippe espagnole » d'il y a un siècle, rappelle le démographe Stéphane Helleringer, pour qui cette question « va occuper démographes et épidémiologues pendant de nombreuses années »[8].

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Depuis l'apparition du SRAS puis du MERS, une nouvelle pandémie à coronavirus était attendue et annoncée par divers experts du domaine[9].

Selon des études phylogénétiques publiées entre février et mai 2020, la maladie apparaît entre octobre et décembre 2019[10], et plus précisément à la fin du mois de novembre[11],[12]. Cependant, dans une étude publiée en juin 2020, des chercheurs de l'Université de Barcelone annoncent avoir trouvé la présence de ce virus dans des échantillons congelés des eaux usées de Barcelone, prélevés le 12 mars 2019[13].

Selon les information connues en février 2020, le premier patient diagnostiqué (estimé a cette époque comme le patient zéro) est identifié le 1er décembre 2019[14] à Wuhan dans la province du Hubei, en Chine centrale[15],[16].

Le 16 décembre 2019 est repérée la première hospitalisation[17].

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte dans un premier temps la République populaire de Chine et ses autres États membres, puis prononce l'état d'urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier, alors que 10 000 contaminations et 213 décès ont été enregistrés en Chine[18]. L'OMS n'avait depuis sa création, le 7 avril 1948, déclaré que cinq fois l'urgence internationale[19].

Le 13 janvier 2020, un premier cas est découvert hors de Chine continentale. Deux navires de croisière (le MS Westerdam et le Diamond Princess) sont aussi touchés. Le nombre total de malades hors de la Chine dépasse les 1 500 à la mi-février.[réf. nécessaire]

À partir de janvier 2020, le gouvernement chinois met en œuvre des procédures de confinement, et place plusieurs villes puis toute une région en quarantaine, fermant de nombreux sites publics et déployant des moyens sanitaires.[citation nécessaire]

La maladie se répand hors de Chine dès janvier, et le 25 février 2020 le nombre de nouveaux cas déclarés quotidiennement hors de Chine est plus élevé que dans le pays[20],[21],[22].

Le 11 mars 2020, l'épidémie de Covid-19 est déclarée pandémie[5],[6] par l'OMS, qui demande des mesures de protection essentielles pour prévenir la saturation des services de soins intensifs[7] et renforcer l'hygiène préventive (suppression des contacts physiques, bises et poignées de mains, fin des attroupements et des grandes manifestations ainsi que des déplacements et voyages non indispensables, promotion du lavage des mains, mise en application de quarantaine, etc.). Cette pandémie mondiale provoque des annulations en série de manifestations sportives et culturelles sur toute la planète, la mise en place par de nombreux pays de mesures de confinement pour freiner la formation de nouveaux foyers de contagion, la fermeture des frontières de nombreux pays, et un krach boursier du fait des incertitudes et des craintes qu'elle fait peser sur l'économie mondiale. Elle a aussi des effets en termes d'instabilité sociale et économique et est le prétexte à la diffusion en ligne d'informations erronées ou relevant de la théorie du complot[réf. nécessaire].

Le 21 avril, plus de 2,5 millions de cas cumulés sont confirmés dans le monde, dont près de 680 000 personnes guéries et près de 180 000 morts[23],[a].

Fin janvier 2021, la barre des cent millions de cas cumulés est franchie dans le monde ainsi que deux millions de morts au total.[réf. nécessaire]

Le 17 avril 2021, la barre des trois millions de morts dans le monde entier est franchie.[réf. nécessaire]

Graphique linéaire des cas cumulés de COVID-19 (bleu), des guérisons (vert) et des décès dans le monde (rouge).

La situation épidémiologique évolue constamment, mais les données sur le virus et la Covid-19[25] ont rapidement été partagées par les chercheurs. La séquence du génome est publiée dès le 5 janvier[26], moins d'une semaine après identification du virus. La première prépublication d'une hypothèse de transmission apparaît dès le 19 janvier[27].

Diverses revues et éditeurs scientifiques (ex. : The Lancet, qui a créé un hub dédié, Nature, Elsevier, etc.) ont mis à disposition des chercheurs et médecins, voire du grand public, leurs ressources (articles de revues ; manuels scientifiques et médicaux, les produits éducatifs…) ; Elsevier a créé à partir des données de Scopus une carte mondiale interactive d'experts ; et il autorise désormais l'exploration (en texte intégral) de ses données qui croissent exponentiellement depuis la fin 2019, dont via PubMed Central des NIH et la base de données OMS, « gratuitement, et sans limitations de copyright ». Elsevier et The Lancet ont signé la déclaration du Wellcome Trust, sur le partage, ouvert et rapide, des données et résultats de recherche sur la pandémie, afin d'aider à la riposte de santé publique et à sauver des vies[réf. nécessaire].

L'urgence sanitaire fait cependant que les découvertes et mises à jour médico-scientifiques sont publiées avec une relecture par les pairs plus rapide et moins méticuleuse que d'ordinaire, et parfois en prépublication avant revue par les pairs ; la qualité des données primaires et des sources secondaires doit dès lors être interprétée avec prudence[28]. En outre des lacunes de données sont dues au fait que les pays n'ont pas la même approche en termes de dépistage ou de transparence[29], pour des raisons financières, techniques et/ou de politique. S'y ajoute la qualité du système de veille sanitaire et de remontée de l'information. Le dépistage peut viser à être systématique (par exemple en Corée du Sud), être ciblé uniquement sur des porteurs du virus présentant des symptômes, ou ne viser que les cas les plus graves (par exemple en France)[réf. nécessaire].

Le dépistage, quand il existe (certains pays, dont la France ont manqué de tests durant des mois), ne se fait pas au même rythme partout. Il a été compliqué par le fait que la pandémie s'est propagée dans l'hémisphère nord en hiver, au moment où circulent d'autres virus respiratoires (virus grippaux notamment, qui produisent les mêmes symptômes initiaux, hormis l'hyposmie et l'hypogeusie caractéristique fréquente de la Covid-19)[30],[31] ; de plus il existe un décalage entre cas confirmés et cas réels. Les données sur la létalité (taux de décès parmi les personnes touchées) n'étaient pas fiables de par le faible nombre de personnes testées, rendant la comparaison entre pays peu significative ; de même en ce qui concerne le nombre de morts imputés à la maladie dont les critères de recensement ne sont pas homogènes entre pays. Néanmoins, le taux de mortalité en fin de pandémie, sera significatif des politiques de santé publique menées dans chaque pays[32]. La gestion de la transmission asymptomatique est le « talon d'Achille » de la lutte contre la pandémie[33] ; et là où il n'y a pas une stricte distanciation physique, le dépistage des cas symptomatiques est nécessaire mais il est insuffisant car n'empêchant pas la diffusion du virus dans les endroits de vie collective (foyers, prisons, établissements de santé mentale fermés, refuges pour sans-abri et hôpitaux), surtout si l'on veut relâcher la distanciation sociale[33].

Avertissements :

1. Les bilans et chiffres ci-dessous sont à interpréter au regard des spécificités démographiques de la Chine. Sa pyramide des âges n'est, par exemple, pas comparable à celle de la France, mais proche de celle de l'Allemagne. Le sex-ratio y défavorise les femmes (113 garçons pour 100 filles à la naissance), sauf au-dessus de 65 ans (100 femmes pour 91 hommes) ; et la part du nombre d'enfants dans la population est très basse : en 2019 le taux de natalité y était de 10,4 naissances pour mille habitants (le plus bas depuis 70 ans) et le nombre de naissances (14,6 millions en 2019, soit 4 % de moins qu'en 2018) est le plus bas depuis près de 60 ans[34] ;
2. Les chiffres ci-dessous ne concernent que des malades confirmés en Chine de source officielle ; il s'agit de la frange des malades les plus symptomatiques (donc plus facilement détectables) ; ces chiffres peuvent évoluer ; ils seraient probablement différents dans un pays à population très jeune ou avec un sex-ratio plus équilibré.[réf. nécessaire]

Selon un premier bilan épidémiologique[35], publié le 24 février 2020, à partir de 44 672 cas confirmés en Chine :

• 87 % de ces malades confirmés avaient de 30 à 79 ans ;
• 1 % seulement avaient 9 ans ou moins ;
• 1 % seulement avaient de 10 à 19 ans ;
• 3 % avaient 80 ans ou plus ;
• 75 % sont tombés malades dans la province du Hubei, et 86 % des expositions étaient liées à Wuhan (habitants, visiteurs ou contact étroit avec ces derniers) ;
• 81 % des cas confirmés étaient bénins (sans pneumonie ou avec une pneumonie légère) ;
• 14 % étaient sévères (avec dyspnée, fréquence respiratoire supérieure ou égale à 30 par minute, saturation en oxygène sanguin inférieure ou égale à 93 %, pression partielle d'oxygène artériel par rapport au rapport d'oxygène inspiré inférieur à 300 et/ou infiltrats pulmonaires supérieurs à 50 % en 24 à 48 h) ;
• 5 % des cas étaient critiques (insuffisance respiratoire, choc septique et/ou dysfonction ou échec d'organes multiples) ;
• taux global de létalité : 2,3 % (1 023 décès pour 44 672 cas confirmés) ;
• 0 % de décès chez les 9 ans et moins ;
• 0 % de décès chez les cas bénins ;
• 49 % de décès parmi les cas critiques ;
• 8 % de décès chez les 70 - 79 ans ;
• 14,8 % de décès chez les 80 ans et plus.

Le taux de létalité était beaucoup plus élevé en cas de comorbidités préexistantes :

• 10,5 % pour les maladies cardiovasculaires ;
• 7,3 % pour le diabète ;
• 6,3 % pour les maladies respiratoires chroniques ;
• 6 % pour l'hypertension artérielle ;
• 5,6 % pour le cancer.

Les agents de santé ont été surexposés (1 716 cas pour un total de 44 672 cas avérés soit 3,8 %[Quand ?]), surtout à Wuhan (63 % des cas de la ville avec 1 080 malades). 14,8 % des cas confirmés au sein des agents de santé ont été classés graves ou critiques (seuls cinq sont cependant morts dans cette période).[réf. nécessaire]

De mi-janvier à mi-mars 2020, des indices ont laissé penser que la Covid-19 pourrait être atténuée quand il fait plus chaud, et qu'une hausse de température moyenne pourrait atténuer sa contagiosité. Si cela était confirmé, une saisonnalité de la pandémie pourrait alléger la pression sur les services d'urgence à la belle saison dans l'hémisphère nord, et laisser un peu de temps à l'hémisphère sud pour se préparer et tirer parti des leçons apprises au nord[36]. C'est l'hypothèse posée par deux chercheurs des universités de Californie et de Chicago dans un article (non relu par des pairs). Ils ont rétrospectivement tenté d'isoler pour les deux mois d'explosion du nombre de cas en début de la pandémie le rôle de trois facteurs météorologiques (température, humidité, pluviométrie) de facteurs de confusion tels que l'amélioration de la réponse à la pandémie ou du degré et les hétérogénéités de promiscuité associé aux densités de population[36]. Au 26 mars, leur analyse statistique basée sur l'étude rétrospective de 166 686 cas confirmés de Covid-19, dans 134 pays, échelonnés du 22 janvier 2020 au 15 mars 2020[36] concluait que :

1. ni l'hygrométrie, ni les précipitations n'influencent la contagiosité de la Covid-19[36] ;
2. pour chaque degré Celsius de température moyenne gagné (durant deux mois environ), la transmission de la COVID a semblé se réduire de 13 % en moyenne (entre −21 % et −4 %, IC 95 %). [réf. nécessaire]

Cette hypothèse est à confirmer, car en mars-avril, l'Italie et l'Espagne (deux régions chaudes de l'Europe) ont été particulièrement sévèrement touchées. De plus d'autres facteurs de confusion existent, dont la pollution de l'air qui, par exemple selon plusieurs études, a aggravé la situation en Italie[37].

Cette pollution est source de maladies respiratoires et cardiovasculaires, deux facteurs de risques de mortalité prématurée en général[38], et notamment en cas de SRAS et COVID-19.

Dès 2003 des chercheurs avaient noté que les symptômes du SRAS étaient aggravés là où l'air était pollué. Ainsi dans les zones modérément polluées de Chine, le risque de mort par SRAS était plus de 80% plus élevé que dans les zones où l'air était relativement propre ; passant à 100% en zone très polluée[39] ; de même pour la COVID-19[40].

Dès le début de l'épidémie chinoise de COVID-19, puis dans plusieurs régions du monde lors de la pandémie, la pollution de l'air semble aggraver le risque de mortalité par COVID-19[41]. En Chine, l'incidence de la COVID-19 s'est avérée significativement augmentée par les PM2,5 tandis qu'une corrélation entre les PM2,5 ambiantes et le taux de mortalité a également été établie[42].

En mars 2020, selon une étude allemande, la pollution particulaire aide à transporter le SARS-CoV-2, tout en augmentant la vulnérabilité des malades, et aggravant leurs symptômes[43].

Puis une autre étude, combinant les données épidémiologiques américaines et chinoises sur la pollution de l'air, la Covid-19 et le SARS de 2003, aux données italiennes et aux données satellitaires sur les particules fines polluantes (PM2,5), la météo et les données de pollution atmosphérique mesurée au sol a conclu que 15 % environ des morts par Covid-19 sont liés à une pollution chronique de l'air : 19 % en Europe, 17 % en Amérique du Nord et 27 % en Asie de l'Est ; 29 % des morts en République tchèque, 27 % en Chine, 26 % en Allemagne, 22 % en Suisse, 21 % en Belgique, 19 % aux Pays-Bas, 18 % en France, 15 % en Italie, 14 % au Royaume-Uni, 12 % au Brésil, 11 % au Portugal, 9 % en Espagne, 6 % en Israël, 3 % en Australie et seulement 1 % en Nouvelle-Zélande seraient dus à ce phénomène[44]. « À échelle mondiale, 50 à 60% de la fraction anthropique attribuable (de cette surmortalité) est liée à l'utilisation de combustibles fossiles, jusqu'à 70 à 80% en Europe, en Asie occidentale et en Amérique du Nord »[44]. Toutes les études faites entre 2003 et 2020 sur ce sujet montrent une corrélation entre la pollution de l'air et la mortalité (pour le SRAS puis pour la COVID)[44].

La distance physique peut atténuer la propagation de la Covid-19.

« Dans les pandémies comme celle-ci, il n’y a jamais qu’une seule vague » insiste Matthieu Revest (spécialiste des maladies émergentes au CHU de Rennes)[45] ; on sait effectivement, notamment via les exemples de pandémies grippales ou de peste, qu'un microbe émergent, contagieux et pathogène, peut générer plusieurs vagues pandémiques faisant le tour du monde sur plusieurs années. Dix-huit experts américains en modélisation épidémiologique ont été interrogés à ce sujet (les 16 et 17 mars 2020) ; la probabilité moyenne assignée par ces experts à l'arrivée d'une « seconde vague » de COVID lors des mois d'automne (août-décembre) 2020 était de 73 %[46].

Fin mars 2020, alors que, malgré des mesures de santé publique sans précédent, plus de 200 pays plongeaient dans la pandémie, la Chine et quelques autres pays semblaient commencer à en sortir. De leur retours d'expériences, il ressort que le taux de létalité confirmé (CFR en anglais, case fatality rate) mis à jour par Leung et ses collègues pour la Chine a chuté à 0,98 % (conforme au rapport du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies) alors qu'à Wuhan il avait atteint 5,08 % le 28 mars 2020[47] (taux de létalité apparent : nombre de décès imputables à la maladie divisé par le nombre de cas connus), à comparer avec une valeur de 0,8 % estimée pour la France[48] (IFR en anglais — Infection Fatality Ratio —, nombre de décès imputables à la maladie divisé par le nombre de cas réels estimé). Après le pic épidémique, les foyers de Covid-19 en Chine n'ont plus dépassé les capacités de soins de santé[49], prouvant l'efficacité des mesures prises.

En France, selon une évaluation de l'Institut Pasteur prépubliée le 21 avril, environ 5,7 % des Français (3,7 millions de personnes) auront été infectés au 11 mai (début du déconfinement). « Pour que l'immunité collective soit suffisante pour éviter une deuxième vague, il faudrait 70 % de personnes immunisées. On est très en dessous »[50] ; une seconde vague pourrait par exemple venir d'Europe, du Moyen-Orient et/ou d'Amérique, ou encore de foyers d'endémisation locaux. En mars 2020, divers experts, dont certains en Chine et aux États-Unis[46] la redoutent. Et pour l'éviter, ils cherchent à répondre à plusieurs questions[51] :

1. quelles ont été les mesures les plus efficaces pour stopper la transmission du SARS-CoV-2 en Chine lors de la 1re vague (tant pour les cas importés, que pour la transmission locale) ? Dans The Lancet, Kathy Leung (épidémiologiste à l'Université de Hong Kong) et ses collègues ont analysé[51] la gestion de la crise épidémique dans quatre villes et dix provinces de Chine (hors du Hubei), concluant que les mesures barrière (contrôle non-pharmaceutique) entamées le 23 janvier 2020 ont permis de maintenir un R0 inférieur à 1. Ce sont ensuite des cas importés du Hubei ou de l'étranger qui ont ensuite généré quelques nouveaux foyers. Fin mars-début avril, l'épidémie a accéléré dans plusieurs pays, évoquant des lacunes de préparation (ou une augmentation de la contagiosité)[réf. nécessaire] ;
2. quels auraient été les effets de mesures plus précoces (de distanciation sociale, d'autres comportements barrière au sein de la population générale, ou de recherche rétrospective des contacts) ? Des modélisations cherchent à calculer dans quelle mesure elles auraient alors pu mieux atténuer voire stopper l'épidémie. On a par exemple montré que les restrictions des voyages aériens ont eu un effet marqué à l'échelle mondiale, mais a été trop tardive en Chine où elle n'a pu retarder l'extension de l'épidémie que de 3 à 5 jours[52] ;
3. quels sont les « angles morts » qui, dans les stratégies descendantes ou locales de lutte, permettraient éventuellement au virus de reconquérir des territoires où il a été contrôlé[53] ? Par exemple, les données chinoises les plus complètes[47] indiquent maintenant que 81 % des patients n'ont que de légers symptômes (on souhaite les traiter à domicile pour ne pas surcharger les hôpitaux). Presque la moitié des malades conduits à l'hôpital n'avaient pas de fièvre, et 11 à 15 % des cas bénins n'en ont pas eu durant toute leur hospitalisation, et plus d'un tiers n'avaient pas de toux et près de 80 % pas de dyspnée[54],[55], ce qui rend difficile le respect du régime de maintien à domicile ;[réf. nécessaire]
4. quelles sont les imprécisions statistiques initiales à identifier pour corriger les modélisations nécessaires à la gestion de crise? Par exemple, on a d'abord estimé que la période d'incubation était au maximum de 14 jours (chiffre tenu par l'OMS[56] et les médias de masse) mais les données scientifiques plus fines ont ensuite montré que 1 % des patients pouvait développer les symptômes après 14 jours de surveillance active ou de quarantaine[57] peut-être parfois jusqu'à 24 jours[54],[58]). De même a-t-on en janvier-février sous-estimé la durée maximale d'excrétion de virions (selon les données chinoises, les survivants hospitalisés excrétaient le virus sur une durée médiane de 20 jours ; 90 % n'en excrètent plus après 10 jours, mais les 10 % plus sévèrement touchés en excrétaient jusqu'à 25 jours[55] ;
5. quelles conséquences néfastes pourrait avoir un relâchement prématuré des mesures? Les modèles montrent que cette situation conduirait à retrouver une transmissibilité (R0) supérieure à 1, c'est-à-dire à une seconde vague épidémique ou pandémique[51].

Les experts font aussi des recommandations pour éviter une seconde vague.

• Selon Kathy Leung et al., pour préparer la résilience et éviter une seconde vague (qui risque probablement d'arriver avec le relâchement des mesures barrières et la reprise des activités économiques), il est urgent de mieux documenter et comprendre les effets de chaque type de mesure de lutte contre la pandémie et les effets de leurs interactions[51] ; cette équipe scientifique a aussi montré qu'entre janvier et avril 2020, par province en Chine, le taux de létalité était aussi corrélé au produit intérieur brut par habitant et à l'indice de disponibilité de lits d'hôpital pour 10 000 personnes. Le degré local ou régional de capacité est donc aussi un facteur important, à prendre en compte pour le choix et la durée des mesures non pharmaceutiques[51].
• Les effets de l'extension ou d'un relâchement des mesures de contrôle de la distance physique à Wuhan ont été modélisés par Prem Kiesha et al. en mars 2020[59]. Leur modèle suggère qu'assouplir ces mesures en mars pourrait induire une deuxième vague dans l'hémisphère nord au milieu de l'été[59].
• Des modélisations plus précises, des effets par pays, et par type de mesures (restrictions de déplacement, distanciation physique, masques faciaux, contrôles de température, recherche des contacts, etc.) avec ou sans assouplissement des mesures anti-pandémiques sont désormais nécessaires[51].

Début avril 2020, Kathy Leung et son équipe mettent en garde les gouvernants et décideurs contre l'assouplissement prématuré de mesures strictes ; « les gouvernements devraient agir et se préparer immédiatement pour garantir que le système de santé dispose d'une main-d'œuvre, de ressources et d'installations adéquates pour minimiser le risque de mortalité lié à la Covid-19 »[51].

Le SARS-CoV-2 en microscopie électronique.

La pandémie est due à un coronavirus (le SARS-CoV-2), un type de virus enveloppé de symétrie sphérique et couvert de spicules (constituées de diverses protéines) lui donnant l'apparence d'une couronne[60],[61] (cette couronne se réfère à une représentation commune du virus en deux dimensions ; en termes mathématiques et en trois dimensions, ces protubérances s'inscrivent dans ce qui s'apparente à une couronne solide). Une seule souche avec de nombreux variants serait en circulation actuellement[62].

La séquence génétique de ce coronavirus est similaire à 80 %[63] à celle du coronavirus du SRAS. Il est d'abord désigné provisoirement par l'OMS[64] et les CDC[65] sous le terme anglais 2019 novel coronavirus[b], ou 2019-nCoV, avant d'être nommé SARS-CoV-2 sur recommandation de l'ICTV[66].

Il appartient au sous-genre Sarbecovirus[67]. Son génome, stable[68] et constitué d'un ARN simple-brin à polarité positive de 29 903 nucléotides, a été séquencé pour la première fois le 5 janvier par une équipe de l'Université Fudan de Shanghai (Chine)[69],[70],[71],[72],[73].

SARS-CoV-2

Elle serait dans l'air, selon son support, de 24 à 72 heures. Les matières plastiques favorisent sa durée de vie[74],[75]. Sous une température inférieure à 20 °C, il persiste plus longtemps. Au-dessus de 30 °C, sa durée de vie diminue fortement[76].

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À la différence du SRAS (pour lequel les malades allaient à l'hôpital puis devenaient contagieux 3 à 4 jours après l'apparition des signes cliniques, ce qui facilitait le contrôle de la pandémie)[77], le SARS-CoV-2 se duplique et peut être excrété avant les premiers symptômes. Au 24 janvier 2020, on ignore encore ses modalités précises de transmission inter-humaine.[réf. nécessaire]

• La Chine annonce le 26 janvier 2020 que des porteurs asymptomatiques peuvent le transmettre ; qu'il a une courte période d’incubation (5 jours environ) et qu'il est transmissible avant les premiers symptômes[78],[79]. Les contaminations semblent cependant presque toutes issues de contacts avec des sujets présentant déjà des manifestations de la maladie[80].
• 80 % des cas environ sont bénins ou ne nécessitent pas d'hospitalisation[81], mais on ignore encore le nombre exact de malades asymptomatiques dans la population.
• Des personnes infectées n'ont pas transmis le virus, tandis que d'autres l'ont largement excrété et/ou transmis[82].
• Les coronavirus ciblent surtout les voies respiratoires, mais sont fréquemment retrouvés dans le sang et dans le plasma ou le sérum des malades. Ceci implique un risque de transmission via la transfusion de produits sanguins. En février, des scientifiques chinois rappellent que, comme les cas asymptomatiques de Covid-19 sont nombreux, des mesures de sécurité transfusionnelle adaptées (ex. : choix des donneurs, méthodes de détection et d'inactivation des virus) sont impératives, notamment en zones d'endémie[83].
• En novembre 2020, les preuves suggèrent qu'environ une personne infectée sur cinq ne présentera aucun symptôme et qu'elle transmettra le virus à beaucoup moins de personnes qu'une personne présentant des symptômes. Une méta-analyse publiée en octobre 2020 a calculé un taux d'infections asymptomatiques à 17 %. Cette analyse révèle également que les personnes asymptomatiques étaient 42 % moins susceptibles de transmettre le virus que les personnes symptomatiques (le risque qu'une personne asymptomatique transmette le virus à d'autres personnes chez elle serait, lui, d'environ un quart du risque de transmission par une personne symptomatique)[84].
• Le mode de transmission principal se fait à l'intérieur, et ce risque peut être fortement diminué en surveillant la concentration en C02 de l'air [85].

Entre la fin 2020 et début janvier 2021, de nombreuses mutations problématiques, dans le sens où elles ont un effet négatif pour l'Homme, ont été identifiées, comme le variant britannique VOC-202012/01, le variant sud-africain 501.V2, et les variants brésiliens B1.1.248 et P.1, le premier étant 50% à 75 % plus contagieux et les autres également, en plus de renfermer la mutation E484K, qui pourrait compromettre l'efficacité des vaccins[86].

La maladie à coronavirus 2019, dite Covid-19 (acronyme de son nom en anglais : « coronavirus disease 2019 »), a été ainsi dénommée par l'OMS le 11 février 2020[87],[88]. Elle est aussi connue, notamment en Chine, sous son ancien nom « NCP (Novel Coronavirus Pneumonia) »[89].

Les symptômes de la Covid-19 sont proches de ceux de la grippe[90],[91]:

La fièvre peut apparaître plusieurs jours après la toux[réf. nécessaire].

De nombreuses personnes porteuses du virus ne présentent pas de symptômes, ou présentent des symptômes légers (petite toux, fièvre) sans détresse respiratoire.[réf. nécessaire]

Une anosmie avec ou sans perte du goût (complète ou non) peut survenir, notamment chez les plus jeunes[94],[95], ce qui est l'un des indices d'une capacité neuro-invasive du virus[92],[96]. En février 2020, une étude chinoise a estimé que 5 % des malades manifestaient des troubles du goût et de l'odorat[97], mais ce travail aurait sous-estimé la prévalence réelle de ces symptômes[92]. Une autre étude a été menée en France en mars 2020[98]. Selon les auteurs, 24 % des patients rapportaient avoir eu une hypogueusie, 20 % une hyposmie et 17 % une hypogueusie et une hyposmie combinées.[citation nécessaire]

Prélèvement nasopharyngé par écouvillon, pour test PCR (test d'amplification des acides nucléiques) de dépistage du SARS-CoV-2, ici à Strasbourg, le 21 août 2020.

Thermocycleur, utilisé pour la PCR.

Quand la Covid-19 est suspectée chez une personne, un test par RT-PCR quantitative permet de confirmer l'infection par le SARS-CoV-2 (ex. 2019-nCoV)[99]. La RT-PCR n'a pas une sensibilité de 100 %, notamment en début d'infection[réf. nécessaire].

La détection de l'ARN viral nécessite un certain temps, car plusieurs étapes sont nécessaires pour détecter l'ARN :

1. Extraction de l'ARN viral[réf. nécessaire] ;
2. Transcription inverse : ARN viral transcrit en ADN (20 minutes[100]) ;
3. Dénaturation (3 minutes[100]) ;
4. Cinquante cycles d'amplification de PCR (37 minutes[100]) ;
5. Interprétation de la courbe de fluorescence.[réf. nécessaire]

Une étude rétrospective chinoise, publiée le 11 avril 2020 dans le Journal of Clinical Virology, portant sur 301 malades hospitalisés présentant des formes moyennes ou sévères, 1 113 RT-PCR ont été effectués sur des prélèvements nasaux ou laryngés. Cette étude permet d'établir la dynamique de la RT-PCR[101] :

Une méta-analyse publiée le 13 mai 2020 dans le Annals of Internal Medicine évoque aussi des faux négatifs évoluant de 38 % à J5 (jour moyen de début des symptômes) à 20 % à J8 pour remonter à 21 % à J9 puis 66 % à J21[102],[103].

Un nouveau test de gargarisme ultrarapide pour le coronavirus est à l'étude en Israël. Celui s’avèrerait précis à 95 %[104] tout en ne prenant qu’une seconde pour effectuer une analyse de la lumière du bain de bouche gargarisé par le patient[104].

L'OMS indique qu'il n'y a pas de traitement spécifiquement contre la maladie, qu'on ne peut traiter que ses symptômes et qu'elle communiquera les résultats des essais cliniques en cours lorsqu'ils seront disponibles[105]. L'OMS recommande de ne prendre aucun médicament[105].

En France, le ministre de la santé recommande, en cas de fièvre, de ne pas prendre de médicaments anti-inflammatoires non stéroïdiens comme l'ibuprofène (Advil, Nurofen, etc.) ou l'aspirine qui pourraient être un facteur d’aggravation de l’infection. Le traitement de la fièvre ou de douleurs chez les patients atteints de Covid-19 ou de toute autre virose respiratoire repose sur le paracétamol, sans dépasser la dose de 60 mg/kg/jour et de 3 g/jour[106],[107]. Cependant, il n'existe pas de littérature scientifique sur le sujet, et ni les spécialistes des maladies infectieuses ni l'OMS ne mettent en garde contre la prise d'anti-inflammatoires non stéroïdiens[108].

En revanche, les patients soignés par anti-inflammatoires, comme les corticoïdes ou autres immunosuppresseurs, pour une pathologie chronique ne doivent pas interrompre leur traitement sans prescription médicale[106].

En février 2020, le gouvernement de Shanghai en Chine a recommandé l'injection de doses massives de vitamine C[109] (on avait constaté une augmentation spectaculaire du nombre des publications scientifiques relatives à l'utilisation de la vitamine C chez les patients gravement malades à partir de 2018[110]). En France, une deuxième vague d'essais cliniques avec la chloroquine démarre le 22 mars 2020[111],[112]. Elle fait suite à la conférence du Pr Didier Raoult du 16 mars, sur les résultats d'une première étude menée sur 24 patients, elle-même en écho d'études menées en Chine[113]. Le jeudi 26 mars 2020 en France, par dérogation à l'article L. 5121-8 du code de la santé publique, l'hydroxychloroquine et l'association lopinavir/ritonavir peuvent être prescrits, dispensés et administrés dans les établissements de santé[114],[115].

« Au 21 avril 2020, plus de 500 essais cliniques avaient été enregistrés dans les différents sites de registre d'essais cliniques internationaux et nationaux »[116].

Le 22 mai, The Lancet publie une étude internationale dirigée par Mandeep Mehra, rétrospective sur 96 000 dossiers de patients hospitalisés, non aléatoire, tendant à mettre en évidence les risques cardiaques de l'hydroxychloroquine[117]. Le groupe sous hydroxychloroquine, le groupe sous hydroxychloroquine avec un macrolide, le groupe sous chloroquine, et le groupe sous chloroquine avec un macrolide étaient chacun indépendamment associés à un risque accru de mortalité à l'hôpital par rapport au groupe témoin n'ayant pas reçu ces molécules. De plus, ces groupes étaient indépendamment associés à un risque accru d'arythmie ventriculaire de novo pendant l'hospitalisation[118],[119]. L'étude de Mandeep Mehra, contestée par la communauté scientifique, a en définitive été retirée par The Lancet[120].

Selon une étude publiée dans le journal américain Aging, les chercheurs des cliniques universitaires Saint-Luc et de l’UCLouvain ont constaté que les télomères courts favorisent la Covid-19 sévère[121].

Évoquant l'avis des spécialistes, la chancelière allemande Angela Merkel rapporte le 11 mars que 60 à 70 % des Allemands pourraient être infectés. Il semble qu'elle se base sur la déclaration de l'épidémiologiste Marc Lipsitch qui donnait le chiffre de 40 à 70 % de la population mondiale quelques jours plus tôt[122].

Le ministre de l'Éducation en France, Jean-Michel Blanquer, déclare le 15 mars que selon « ce que disent les scientifiques, 50 à 70 % de la population in fine finit par être contaminée par le virus, et c'est d'ailleurs ça qui met fin au virus puisque ça crée une forme d'immunité majoritaire, et donc le virus s'éteint de lui-même[123] ».

Des cas de réinfection sont décrits dans la littérature médicale. Ces cas sont rares dans les premiers mois suivant la première infection et donnent généralement une forme moins sévère de la maladie[124],[125].

Le 21 janvier 2020, selon le Dr Xintian Xu (Institut Pasteur de Shanghai) et ses collègues, le SARS-CoV-2 a un ancêtre commun avec des coronavirus et analogues du SARS-CoV, évoquant le coronavirus de la chauve-souris HKU9-1[126]. Le 23 janvier, les premiers résultats, provisoires, du séquençage du virus, publié par des membres de l'Institut de virologie de Wuhan, de l'hôpital Jinyintan de Wuhan, de l'Université de l'Académie chinoise des sciences et du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies de la province du Hubei montrent que le génome du SARS-CoV-2 est identique à 96 % à celui d'un coronavirus de chauve-souris[127].

Le 5 février, Arnaud Fontanet (épidémiologiste)[128] pense donc qu'une chauve-souris est le réservoir sauvage, et que le virus aurait été transmis à l'humain au moins vers mi-novembre 2019, après une adaptation chez un hôte intermédiaire, probablement un animal du marché, encore inconnu[129].

Au début de la pandémie le pangolin est suspecté d'être cet hôte intermédiaire. Le pangolin serait l’espèce animale la plus braconnée, très recherché pour la gastronomie et la médecine traditionnelle chinoise (voir commerce de pangolins) et était vendu sur le marché de Wuhan. Son commerce est suspendu par Pékin, le 26 janvier 2020, en raison des suspicions de transmission virale à l’homme[réf. nécessaire].

Le 7 février 2020, l'Université d'agriculture de Chine du Sud annonce avoir identifié des similitudes entre la séquence du génome du nouveau virus SARS-CoV-2 et celle de coronavirus trouvés sur les pangolins[130]. Or de nombreux scientifiques, comme le professeur australien Nikolai Petrovsky réfutent cette affirmation. Le pangolin n'est pas directement l'« espèce creuset » du virus[131], et même s'il est porteur de souches virales de la même espèce SARSr-CoV, d'autres souches infectant des chauves-souris sont plus proches du SARS-CoV-2 humain. Or il ne semble pas y avoir eu de chauves-souris vendues sur ce marché, qui sont par ailleurs des animaux non consommés dans la région[132],[133].

Fin 2020, l'éventuel hôte intermédiaire n'a toujours pas été identifié.[réf. nécessaire]

Le 27 octobre 2020 un article publié dans le Journal du CNRS titre « La question de l'origine du SARS-CoV-2 se pose sérieusement »[134]. Le virologue interrogé estime qu'on ne peut pas écarter l'hypothèse que le virus soit sorti d’un laboratoire. Deux virologues, l'anglais Angus Dalgleish et le norvégien Birger Sorensen, observent une « capacité d'action particulière » du virus qui pourrait indiquer « une manipulation intentionnelle » et prouver « que ce n'est pas un virus à évolution naturelle... »[135].

Un rapport non publié du gouvernement chinois indique la date du 17 novembre 2019 pour la première occurrence connue de la maladie[136] ; puis ce gouvernement donne officiellement à l'OMS la date du 8 décembre[137] ; enfin un article publié le 24 janvier par des scientifiques chinois donne la date du 1er décembre pour le premier cas (ce malade n’a eu aucun rapport avec le marché de fruits de mer)[138]. Les premiers malades signalés courant décembre 2019 travaillaient au marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan[139]. Des médias parlent des premiers malades le 3 janvier 2020[140],[141].

Courant décembre 2019, les autorités locales chinoises tentent de réduire au silence le personnel médical qui constate un nombre de plus en plus important de patients avec des cas présentant des symptômes similaires au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)[142]. Ai Fen, cheffe des urgences de l’hôpital central de Wuhan, est la première à diffuser l’information auprès de collègues pour les mettre en garde et leur conseiller de se protéger[142]. Parmi eux, le docteur Li Wenliang, qui décédera par la suite de la Covid-19, diffuse à un groupe d’amis une photo des résultats de test d’un patient transmise par Ai Fen, où elle avait entouré de rouge les mots « coronavirus Sras »[142]. Il fait partie des huit médecins convoqués par la suite et sermonnés par la police pour diffusion de rumeurs[142]. Ai Fen reçoit l'ordre de ses supérieurs de ne plus communiquer[142].

Une pneumonie inconnue est décrite le 20 décembre 2019. Le 31 décembre une unité médicale dédiée est mise en place. Le marché de Wuhan est fermé le 1er janvier. Le 2 janvier des tests PCR de dernière génération révèlent un nouveau virus, le 2019-nCov, chez 41 des 59 patients testés, dont la moitié avait un lien avec le marché au poisson de Wuhan. Le 9 janvier un premier patient (61 ans) meurt, puis un autre (69 ans) le 14 janvier.[réf. nécessaire]

Le 11 janvier, le laboratoire de Shanghai publie le nouveau génome du coronavirus ; il est fermé le lendemain par les autorités pour « rectification »[143],[144]. Le gouvernement chinois impose ensuite une approbation avant toute publication de recherche sur l'origine du nouveau coronavirus[143]. Plusieurs des médecins et des journalistes qui ont signalé la propagation très tôt ont disparu[143].

Le 14 janvier, la Commission nationale de la santé alerte les plus hautes instances du pays de la dangerosité du coronavirus identifié deux semaines plus tôt à Wuhan, évoquant « le défi le plus grave depuis le SRAS en 2003 » et un virus « susceptible de se transformer en un événement majeur de santé publique ». Un plan d’urgence est lancé et des centaines de lits préparés dans les hôpitaux, dans le secret jusqu'à la prise de parole de Xi Jinping le 20 janvier : entre-temps, les officiels chinois soutiennent que le virus est peu contagieux et l’Organisation mondiale de la santé vante la « transparence » du pays[145],[142].

Le 15 janvier, le Centre pour le contrôle et la prévention des maladies déclenche, en interne, la réponse d’urgence la plus élevée, et ordonne à la province de Hubei, où se trouve Wuhan, de commencer à relever les températures aux aéroports, stations de bus et de train et d’interdire les rassemblements[142]. Le même jour, le responsable du centre d’urgence du Centre pour le contrôle et la prévention des maladies, Li Qun, déclare à la télévision : « Nous sommes arrivés au constat que le risque de transmission interhumaine soutenu est faible »[142]. Dans le même temps, il est nommé responsable d’un groupe de travail afin de préparer les plans d’urgence pour la réponse de niveau un[142].

Le 20 janvier, Xi Jinping s’exprime pour la première fois sur le nouveau coronavirus et déclare qu’il doit être « pris au sérieux »[142]. Zhong Nanshan, épidémiologiste réputé, déclare publiquement qu’il est transmissible d’être humain à être humain[142].

La transmission inter-humaine est confirmée le 20 janvier dans le Guangdong, par Zhong Nanshan, chef de la commission de la santé enquêtant sur l'épidémie[146],[147]. L'OMS craint que l'épidémie ne s'étende avec le pic des voyages en Chine lié au Nouvel An chinois.[réf. nécessaire]

Le 22 janvier, selon le vice-ministre chinois de la Commission nationale de la santé, Li Bin, ce virus « pourrait muter et se propager plus facilement »[148]. Le 25 janvier, le Président Xi Jinping, déclare la situation « grave » ; l'épidémie s'accélère[149] (devenant une pandémie le 11 mars).

Le 24 janvier la revue The Lancet montre que les premiers symptômes attribuables rétrospectivement au SARS-CoV-2 datent en fait du 1er décembre 2019 chez un seul patient n'ayant pas fréquenté le marché[150], de même qu'un tiers des 41 cas diagnostiqués le 2 janvier 2020 : la pandémie pourrait donc être née ailleurs que sur le marché de Wuhan[151],[152].

Le 26 janvier, pour le Pr Neil Ferguson, expert en santé publique de l'Imperial College de Londres : environ 100 000 personnes seraient déjà infectées. La Faculté de médecine de Hong-Kong porte ce nombre à 43 000 au 27 janvier[153],[154]. Le même jour, la Commission nationale de la santé[155] de Chine déclare que 30 453 personnes sont sous observation sans préciser par quels moyens[156].

Le 13 février, en Chine les critères de diagnostic de la maladie changent, ce qui augmente le nombre de cas. En effet, débo